Albarracín, denominado por el rey de Murcia entabla relaciones con el rey de Navarra a causa de las constantes embestidas del rey Alfonso VIII de Castilla y Alfonso VII de Aragón. Albarracín se mantiene como plaza única para defender los accesos a Valencia y cuenca. El rey musulmán dona a Albarracín y sus territorios al rey Navarro quien lo convierte en reino independiente cristiano, devolviendo su independencia al antiguo Reino de Taifas de los Ben Racin. Desde Navarra se envía a un poderoso noble llamado Don Pedro Ruiz de Azagra, con posesiones en
Navarra, Logroño, norte de Burgos y oeste de Zaragoza. De aquí es donde viene el nombre de “Frías de Albarracín” ya que de Brugos eran los Duques de Frías, pobladores de las tierras de Pedro Ruiz de Azagra, vendrían a estas tierras trayendo sus apellidos y costumbres al hasta ahora reino musulmán. Es a partir de este siglo (XII d.C.) cuando Frías se une a Albarracín como territorio unificado.
El 21 de junio de 1257, por privilegio del rey Jaime I dado en Teruel, este lugar pasa a formar parte de Sesma de Frías de Albarracín en la Comunidad de Santa María de Albarracín, que dependían directamente del rey, perdurando este régimen administrativo siendo la única que ha permanecido viva tras la aplicación del Decreto de Disolución de las mismas, en 1837, teniendo su sede actual en Tramacastilla.
En el año 1685 Frías de Albarracín es proclamado pueblo y término independiente.
En la localidad estaba desarrollada una artesanía del cuero de alta calidad, hasta hace pocos años, plasmada a veces en mochilas que entre otros solían utilizar los pastores por su gran resistencia.

Las zonas de Albarracín son conocidas por su antigua presencia de pobladores mudéjares. Los moriscos de Gea, Albarracín y Bezas abandonaron sus casas debido al proceso de reconversión al cristianismo que sufrieron estas tierras. Salieron forzosamente por el puerto de los Alfaques hacia el norte de África. 2.083 moriscos tuvieron que escapar por el mencionado puerto desde Gea de Albarracín, 89 desde Albarracín.Las guerras y convulsiones políticas han afectado a la comarca de manera importante en diversos momentos de su historia. Así, a comienzos del siglo XVIII. En el siglo XIX, con la guerra de la Independencia, el general Villacampa desarrolló una parte de su actividad guerrillera en la zona, instalando en la herrería de Frías una fábrica de armas. Las tropas francesas se encargaron de destruirla durante la contienda.